Die ÖFSE wurde 1967 in der Rechtsform einer Stiftung öffentlichen Rechts gegründet. Die Gründer – Österreichischer Akademischer Austauschdienst und Afro-Asiatisches Institut Wien – verfolgten das Ziel, ein Informations-, Dokumentations- und Forschungszentrum zu Fragen der Entwicklungspolitik und Entwicklungszusammenarbeit aufzubauen. Beide Gründungsorganisationen zogen sich bereits in den 1990er-Jahren zurück. Aktuelle Stiftungsorgane sind der Vorstand, der Aufsichtsrat und die StiftungsprüferIn. Das Organigramm bietet eine aktuelle Organisationsübersicht der ÖFSE.

2016 legte die ÖFSE  ihr neues Strategiekonzept vor. Es wurde von Kuratorium und ÖFSE-Leitung unter Einbindung der ÖFSE-Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter erarbeitet. In den kommenden Jahren wird die ÖFSE ihren Auftrag und ihre Dienstleistungen an diesem neuen Strategiekonzept orientieren.